脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)作为一种高分辨率的分型方法,在全球范围内广泛地应用于流行病学研究。基于PFGE的致病菌分型溯源拥有国际性的监测网络,如PulseNet,同时一些重要的食源性致病菌都有全球统一的操作流程。虽然目前存在一些其他的细菌分型方法,但 PFGE 仍然是多个国家和国际监测项目的金标准。
BioNumerics 软件提供了一个完整的PFGE 指纹图谱分析平台。它能够快速存储样本流行病学信息和凝胶图谱,快速向导帮助用户完成所有图谱处理操作:标准化、分辨率、背景补偿、均一性及条带自动搜索。用户可以创建一个凝胶电泳(PFGE)实验类型,根据实验需求设定Marker,标记分子量,自动搜索条带,进行条带相似度的设置,相似系数和聚类分析等。
BioNumerics 自动分析批量序列跟踪文件,连接到在线 MLST 数据库,检索相应的等位基因编号、序列型以及可用clonal complex 信息。
处理好序列后,BioNumerics 可以在几秒钟内鉴定数百个菌株。结果存储在数据库中,其结果可进一步进行统计和群体分析、聚类、分区和鉴定等。
全自动分析流程:
自动导入且能够批量拼接不同来源的测序峰图文件(AB, Beckman, Amersham, FASTA);利用序列文件名称直接解析菌株编号及基因名称等信息。
批量拼接完成后自动生成报告,列出每个菌株或基因的拼接状态。
双击对应拼接问题便显示详细信息窗口。
双击特定问题窗口即可打开Assembler窗口,并选中对应碱基位置。
可实时比对 MLST 数据库进行等位基因和 MLST 型别鉴定,或者与本地数据库进行比较。
选中菌株的等位基因和MLST型别信息可随时进行更新。
计算和显示克隆群分群信息及使用进一步的统计分析工具。